Aslen Elazığlı olup 1969’da Bursa İnegöl’de doğdu. Öğrenim hayatına İstanbul’da başladı. Önce Üsküdar İmam Hatip Lisesi’nden (1987) sonra da Marmara Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi’nden mezun oldu (1991). 1993 yılında M.Ü. İlâhiyat Fakültesi Kelâm Anabilim Dalı’nda “araştırma görevlisi” olarak çalışmaya başladı.

“Kur’ân-ı Kerîm’e Göre Peygamberin Dindeki Konumu” adlı tezle M.Ü. Sosyal Bilimler Enstitüsü Temel İslam Bilimleri Kelâm Bilim Dalı’nda yüksek lisansını (1993), “Bir Kelâm Problemi Olarak İmanın Psikolojik Yapısı” isimli çalışma ile de doktorasını tamamladı (2000). Sahasıyla ilgili araştırmalar yapmak üzere yaklaşık bir yıl İngiltere’de (1996-1997) bulundu. Ayrıca Kahire Üniversitesi Dârü’l-ulûm Fakültesi’nde “misafir ilim adamı” olarak çalışmalar yaptı (2002–2003).

Halen M.Ü. İlahiyat Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak görevine devam eden Hülya Alper’in İmam Mâtürîdî’de Akıl Vahiy İlişkisi (İstanbul: İz Yayıncılık 2008, 2010), Bir Kelâm Problemi Olarak İmanın Psikolojik Yapısı (İstanbul: Rağbet Yayınları, 2002), Bendeki Kahire (İstanbul: Kesit Yayınları 2007), Tevhidin Esasları (Ebü’l-Muîn Nesefî’nin Kitâbü’t-temhîd lî kavâidi’t-tevhîd’inin çevirisi İstanbul: İz Yayıncılık 2007, 2010) adlı kitapları ile çeşitli dergilerde yayımlanmış bilimsel makaleleri bulunmaktadır.