1897'de Mısır'ın Benderü'l-cîze kentinde doğdu. Ondokuz yaşında girdiği Dârü'l-ulûmi'l-ulyâ'dan 1921 yılında mezun oldu. Cambridge Üniversitesinde felsefe okudu ve burayı birincilikle bitirdi (1924). E.G. Browne, R.A. Nicholson, A.J. Arberry gibi şarkiyatçılardan istifade eden Afîfî, Muhyiddin İbnü'l-Arabî üzerine hazırladığı teziyle felsefe doktoru ünvanını aldı (1930). Ülkesine dönüp Kahire Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Felsefe bölümünde hocalık yapmaya başladı. 1940'ta doçent, 1943'te profesör oldu. Daha sonra aynı fakültede dekanlığa getirildi ve bu görevini 1957'ye kadar sürdürdü. Mısır Sanat ve Sosyal Bilimler Yüksek Konseyi üyeliğinde bulundu. 1966 yılında İskenderiye'de vefat etti.

Başlıca eserleri şunlardır:

Telif:
The Mystical Philosophy of Muhyid-Din Ibnul ‘Arabi (Cambridge 1939; Muhyiddin İbnu'l-Arabî'nin Tasavvuf Felsefesi, çev. Mehmet Dağ, Ankara 1975)
et-Tasavvuf: Sevretun Rûhiyye fi'l-İslâm (İskenderiye 1963; Tasavvuf: İslâm'da Manevî Hayat, çev. Ekrem Demirli, Abdullah Kartal, İz Yayıncılık, İstanbul 1996)
el-Mantıku't-tevcîhî (Kahire 1938)
et-Ta'lîkât alâ Fusûsi'l-Hikem (Fusûsu'l-Hikem Okumaları İçin Anahtar, çev. Ekrem Demirli, İstanbul 2000)

Edisyon Kritik (Tenkitli Neşir):
er-Risâletü'l-Melâmetiyye
eş-Şifâ / el-Burhân
Fusûsü'l-hikem
Mişkâtü'l-envâr